Python

Заметки о языке программирования Python

🌱 Seed

Python

Snakemake — workflow engine для биоинформатики, где Python встречается с Make. Правила описывают, как из входных файлов получить выходные, а граф зависимостей строится автоматически. Пока разбираюсь: кажется мощным для воспроизводимых пайплайнов, но синтаксис {input}/{output} требует привыкания.

rule myrule:
    input:
        "path/to/inputfile",
    output:
        "path/to/outputfile",
    shell:
        "somecommand {input} {output}"

Вопрос: когда стоит предпочесть Snakemake чистому Python (Airflow/Prefect)?

Evolution